涉密信息系統集成資質是指由國家相關部門依法批準，允許企業或機構從事涉及國家秘密的信息系統集成業務的資格認定。這類資質管理嚴格，主要針對處理機密、秘密和內部信息的信息系統集成項目，確保國家秘密在集成、運維等環節得到有效保護。

信息系統集成服務則指將硬件、軟件、網絡等信息技術資源進行整合，構建統一、高效信息系統的全過程服務，包括需求分析、方案設計、系統實施、運維支持等。其核心在于通過技術融合實現信息共享與業務協同。

兩者的核心區別在于：

1. 服務對象不同：涉密集成專門面向國家秘密信息處理，普通集成服務面向商業和公共領域
2. 資質要求不同：涉密集成需通過國家保密行政管理部門審查，普通集成主要看技術能力和商譽
3. 安全標準不同：涉密集成須符合分級保護要求，實施全程保密管理

在我國，從事涉密信息系統集成必須取得相應資質證書，并嚴格遵守《保守國家秘密法》等法規。這一制度既保障了國家秘密安全，又規范了信息系統集成市場的發展。